技术服务 ▼
DAP-Seq 实验服务
转录因子(transcription factor, TF)是序列特异性DNA结合蛋白，可调节所有生物体中的基因表达，它们占全部物种所有蛋白编码基因的4~10%。例如，模式植物拟南芥中有2492个基因编码TF，占其总蛋白质编码基因的9%以上。
DAP-seq(DNA亲和纯化测序)，成功将体内结合实验转移到体外，解决了ChIP抗体制备的困扰，极大的提高 DNA Binding Site发现的效率。 DAP-seq不仅能够超高通量查找TFBS，还能深入了解众多TF的生物学特性和结合位点结构，在任何有机体的顺反和表观研究中表现出巨大的价值。
具体方法为：通过体外蛋白表达技术，表达出带有标签的转录因子，和基因组 DNA 文库在体外进行结合，然后分离出所有与转录因子结合的 DNA，再使用高通量测序，找到转录因子的结合位点。
DAP-Seq原理
DAP-Seg(DNA affinity purification sequencing，DNA亲和纯化测序)属于类ChIP-se9(染色质免疫沉测序，Chromatin immunoprecipitationsequencing)的体外实验。它通过体外蛋白表达技术，表达出带有标签的TF，和基因组DNA文库在体外进行结合，然后分离出与TF结合的DNA，再使用高通量测序，找到TF的结合位点。 DAP-seq的基本步骤包括：
a) 获得基因组DNA，打断后连接测序接头；
b) 表达连接标签的融合蛋白(目标TF)；
c) 融合蛋白连接抗体直标磁珠；
d) 基因组DNA与目标T融合蛋白一起孵育，利用磁铁富集与目标TF结合的DNA片段，并进行测序。
如下图所示:
DAP—Seq服务流程
DAP-Seq服务内容
服务项目 | 周期 | 交付 | 价格 |
转录因子表达载体构建 | 2~3周 | 1、质粒冻干粉2ug 4、无细胞蛋白表达实验报告 5、文库构建实验报告 6、亲和纯化实验报告 7、所有原始图片及数据 8、MEME数据分析 | 免费咨询客服询价 |
转录因子蛋白无细胞表达 | 1~2周 | ||
DAP-seq 文库构建 | 1~2周 | ||
DNA亲和纯化 | 2周 | ||
illumina二代测序 | 2周 | ||
数据处理及分析 | 2周 |
DAP-Seq技术优缺点
全面鉴定基因组上转录因子结合位点（transcription factor binding sites, TFBS）对于表征调控元件和TF功能至关重要。ChIP-seq一直是检测体内TFBS的金标准。然而，ChIP-seq并非所有情况都适用，因为：
l ChIP-seq依赖于抗体质量，人、小鼠等这些常见模式物种的热门TF，通常有商业化的ChIP级抗体可用，但对于非热门TF或非模式物种，往往没有可用的商业化抗体；而制备ChIP级抗体难度大，周期长，很不可控。
l 对于没有抗体的TF，替代方案之一是通过转基因的手段，将重组TF序列导入到细胞或实验动/植物体内，表达TF-标签（如FLAG肽段或绿色荧光蛋白GFP）融合蛋白，再利用标签抗体，实现目标TF的ChIP-seq；然而，对于某些物种，转基因实验难度很大或周期很长，实验门槛极高。
l TF在植物的体内表达量低，还存在时空特异性，取得足量特定生长时期的特定部位组织，往往并不容易。
DAP-seq成功将体内结合实验转移到体外，解决了ChIP抗体制备的困扰，极大的提高发现TFBS的效率;不仅能够超高通量查找TFBS，还能深入了解众多TF的生物学特性和TFBS结构，在有机体的表观研究中表现出巨大的价值。
技术名称 | DAP-Seq | ChIP-seq |
蛋白与DNA结合于 | 体外 | 体内 |
需要特异性抗体 | 否 | 是 |
适用于非模式物种 | 是 | 否 |
试验周期 | 短 | 长 |
适用于大规模转录因子研究 | 是 | 否 |
但是，DAP-seq作为一种体外实验，某些缺点是不可避免的：
很多TF在体内起作用必须要有其他配体蛋白的协助，但在体外环境下，缺乏这些条件；体外环境下，蛋白翻译后无法正常折叠或形成多聚物，从而无法行使在体内环境类似的功能。这与TF的类型（即TF家族）高度相关，因此，如果想用DAP-seq研究某个目标TF，则可以先查询在之前的研究中，该TF隶属家族的成功率如何，从而预估目标TF的实验成功率。
DAP-seq无法检测组蛋白修饰、染色体开放程度等因素对TF作用的影响，因此，DAP-seq不适用于研究TF与DNA作用的动态变化，研究静态TFBS时，一个物种只需做一次。