技术服务


DNA Pull-down 实验服务

DNA Pull-down是用于分析蛋白质与DNA互作的一种分析技术。一般来说,该实验首先需要针对待研究目的基因的调控区域设计并制备特异性探针(以脱硫生物素标记为主流);同时,制备细胞核提取物;将探针和核提取物共同孵育,DNA结合蛋白就会和靶向序列特异性结合;然后,通过亲和素磁珠纯化蛋白质DNA复合物;最后针对获得的蛋白,使用银染或者Western-Blot进行验证,或者选择质谱方式鉴定蛋白质类型。

DNA Pull-down以感兴趣的DNA序列为中心,寻找与该序列结合的蛋白质,最常见的应用是寻找某特定基因启动子区域的转录因子。

碣石生物自建立起DNA Pull-down技术服务平台以来,累计完成上百例项目。我们可为您提供1对1实验思路设计,配套质谱检测、生信分析让您拥有一站式服务体验,酵母单杂交、EMSA等上下游实验为文章数据添砖加瓦。


服务优势

高特异性:能够高度特异地富集与目标DNA序列相互作用的蛋白质,具有较低的背景干扰

可定量分析:可对DNA-蛋白质相互作用进行定量分析,如荧光或放射性标记的探针,可测量结合的强度和亲和力

适用于高通量分析:DNA pull-down技术可进行高通量分析,同时研究多个DNA-蛋白质相互作用,提供更全面的信息和更深入的洞察

低样本量要求:仅需要少量的样本即可进行实验,对于限量样本或珍贵样本的研究具有重要意义

适用范围广泛:可在不同实验条件下应用,包括体外和体内研究,适用于各种生物体系和细胞类型。它可以用于研究不同生物过程中的DNA-蛋白质相互作用,例如基因调控、DNA修复、染色质结构和功能等。无论是研究基础生物学还是疾病机制,DNA pull-down技术都具有广泛的适用性


DNA Pull-down原理

先将含脱硫生物素的DNA Pull-down探针结合到链霉亲和素Beads上,再将DNA-Beads和细胞裂解液孵育,这样DNA结合蛋白便一起吸附在Beads上。洗涤掉未结合的蛋白后,再用洗脱液将DNA结合蛋白从Beads洗脱下来,得到DNA Pull-down产物。DNA-protein复合物既可以做Western-Blot检测特定蛋白是否与靶DNA片段结合,又可以做质谱鉴定筛选出与DNA片段可能互作的蛋白信息(如具体某个或某些转录因子/组蛋白等)


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DNA Pull-down服务流程


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DNA Pull-down服务内容

服务项目

服务内容

周期

交付

价格

DNA-Pull down

探针扩增回收

2-3周

1、检测质谱图

2、实验报告

3、所有原始数据及图片

询价

蛋白提取+考染

pull down实验

SDS-PAGE银染

~1周

质谱鉴定互作蛋白

~2周

 注:如果客户提供序列,由碣石负责靶蛋白的制备,最终在交付互作分析报告的同时,也会交付>85%纯度的蛋白、质粒、菌株以及对应的蛋白报告。


DNA Pull-down检测样品服务要求


样品类型

样品需求

保存条件

运输条件

备注

动物组织

1、单个样品>2g,EP管或冻存管装。

2、样本应尽量新鲜,如不能立即提取蛋白或核酸,应液氮速冻后冻存于-80℃或更低。

3、冻存样本避免反复冻融以致降解。

-80℃

干冰

所有样本均须有唯一标记,且标记清晰可识

种子样本

去壳新鲜或保存于液氮中的的种子样本,单个样品>0.2g。

-80℃

干冰

贴壁/悬浮细胞

细胞至少5*107个/份,常温离心(1000-1500 rpm,5 min),常温离心收集细胞。贴壁细胞用胰蛋白酶消化后,吹打收集,PBS洗涤细胞,去除多余培养基和胰蛋白酶。开盖液氮速冻15 min,-80℃保存。

-80℃

干冰

核蛋白

核蛋白浓度>0.5mg/mL,最少需要总量300ug,如果客户想做更多实验组,根据每组100ug往上加量。

-80℃

干冰


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